馬祖列島因處於東亞候鳥遷徙路線的中繼站,每年都吸引無數的鳥類在馬祖過境甚至繁殖,列島海域中的鯷魚、鯡魚等小型魚類成為海鳥豐富的食物來源。此外,因馬祖的地理位置接近大陸而離台灣較遠,因此在列島上出現的鳥類和台灣地區的差異度較高,使得馬祖的鳥類生態深具地方色彩,不少在台灣地區被列為迷鳥或稀有的鳥種,在馬祖列島卻常現蹤跡,更添馬祖地區在鳥類資源保育上的重要性。其中神話之鳥黑嘴端鳳頭燕鷗被發現後,馬祖列島已一躍成為國際燕鷗保育焦點。
馬祖列島已於八十九年五月成立「馬祖列島燕鷗保護區」,保護區主要保護的鳥類包括白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、插尾雨燕等七種鳥類。此外,紅喉潛鳥、大水雉鳥、穴鳥、短尾水雉鳥、丹氏鸕鶿、海秋沙、唐白鷺等多種稀有或保育類鳥類都有在馬祖列島島礁停留的紀錄。在保護區的陸域範圍內,全年嚴禁民眾攀登或進入核心區,因此準備前往賞鳥的遊客們可以在島礁低潮線向海延伸100公尺內海域的緩衝區外,搭船欣賞燕鷗在海中翱翔的優美身影。每年七、八月為賞鷗的最佳時節。
不僅是候鳥季,在平常的季節也可見隨處飛翔的鳥類,尤其在較少人居住的聚落如南竿的梅石、津沙就常能發現留鳥的蹤跡。白頭翁、朱頸斑鳩、麻雀、藍磯鶇、白頰山雀、紅隼、棕背伯勞、暗綠繡眼、金翅雀、白斑紫嘯鶇等,皆是馬祖列島上常見的鳥類。民宅屋角隨處可見的燕窩,係遠從中南半島前來繁殖的夏候鳥家燕,每年三、四月間定時來訊,等秋天一到家燕開始南移過冬,十月份就完全消失。